Phim Cuộc Chiến Hủy Diệt xoay quanh cuộc xâm lăng Trái Đất của một chủng tộc người ngoài hành tinh. 15 năm sau kết thúc của phần hai, một loại virus mới đã xuất hiện và xâm nhập vào những người ngoài hành tinh đang sinh sống trên Trái Đất. Loại virus này

Khi phi công của Lực lượng Không quân Hoàng gia, Trung úy Kate Sinclair bị bắn rơi tại Afghanistan, cô đã tìm thấy nơi ẩn náu trong một hệ thống boongke ngầm bị bỏ hoang, nơi vũ khí sinh học chết người do con người tạo ra - nửa người, nửa người ngoài hành